Preskočiť na obsah
Bionavira

Bionavira

Bioinformaticka platforma

BioNavira

Pracovne rozhranie pre projekty, experimenty a grafovu interpretaciu BioNavira dat v Neo4j.

Genomika - Neo4j - KNIME - AI asistencia

Neo4j pripojenie je nakonfigurovane.
Plugin 1.5.17
Odporucany workflow

Zacni projektom, potom experimentom, nakoniec grafom

BioNavira je najprehladnejsia, ked si najprv vyberies pracovny projekt. Ten urci dostupne experimenty, ulozene volcano vysledky a Neo4j grafovy kontext.

BioNavira: projektovy priestor pre genomicke rozhodovanie

BioNavira je webova platforma pre integrovanu analyzu, vizualizaciu a interpretaciu genomickych a transkriptomickych dat. Pomaha prepojit tabulkove vysledky, grafove vztahy a riadenu analyticku logiku do jedneho pracoviska.

Platforma je postavena okolo projektov a experimentov: projekt urcuje pristupove prava, experiment nesie konkretne vstupne data, volcano plot, vybrane geny a predpripravenu query pre Neo4j graf.

Projekt -> experiment -> interpretacia Interaktivny volcano plot a vyber genov Neo4j graf vztahov a anotacii SQL evidencia, KNIME a AI asistencia
Projekty 1 Dostupne projekty podla prav a verejnosti.
Experimenty 1 Experimenty dostupne pre aktualneho navstevnika.
Neo4j Ready Pripojenie nastavuje administrator vo WordPress admin paneli.
Technologicky stack

Standardizovany bioinformaticky workflow nad otvorenymi technologiami.

  • WordPress WordPress UI
  • MySQL MySQL evidencia
  • Neo4j Neo4j grafova databaza
  • KNIME KNIME orchestracia
  • AI AI asistencia v sablonach
Novinky vo verzii 1.5.17

Verzia 1.5 pridava BioNavira AI asistenta s GPT API pripojenim, kontextom platformy a bezpecnym rezimom ukonov v aplikacii.

  • Chat rezim pre otazky k workflow, projektom, experimentom, volcano plotu a Neo4j grafu.
  • Action rezim, kde AI navrhne povolene ukony ako otvorenie sekcie, CSV uploadu, nacitanie grafu alebo oznacenie volcano genov.
  • Admin nastavenia pre GPT API base URL, API kluc, model a zapnutie asistenta.
  • API kluc zostava na serveri a do browsera sa neposiela.

Ako BioNavira pracuje

Cely proces je navrhnuty tak, aby biolog alebo analytik nemusel zacat technickou query, ale vedeckou otazkou, projektom a datami z experimentu.

1
Projekt zoskupi temu a pristupy

Administrator vytvori projekt, oznaci ho ako sukromny alebo verejny a podla potreby ho zazdiela registrovanym pouzivatelom. Projekt je kontajner pre experimenty, grafy a interpretacie.

2
Experiment vznikne z CSV vysledkov

Pouzivatel nahra CSV, namapuje stlpce Gene name, log2FoldChange, pvalue a padj a ziska interaktivny volcano plot s upravitelnymi thresholdmi.

3
Vybrane geny sa prenesu do grafu

Geny je mozne oznacit jednotlivo, lasom alebo cez skupiny Up/Down. BioNavira z vyberu vysklada Neo4j query a zobrazi vztahy k dalsim genom, variantom, vzorkam a anotaciam.

4
Graf podpori interpretaciu vysledkov

Neo4j model umoznuje hladat suvislosti, filtrovat hrany podla relevance, log2FoldChange a padj, porovnavat verejne aj interne zdroje a pripravit podklady pre dalsiu analyzu.

Projektovy model a prava

BioNavira rozlisuje administratora, registrovaneho pouzivatela a navstevnika. Verejne projekty a verejne experimenty si moze pozriet aj neprihlaseny navstevnik; tvorba experimentov, komentare a mazanie zostavaju pod kontrolou opravneni.

Experiment a volcano plot

CSV workflow zjednoti rozne vstupne tabulky tym, ze pouzivatel vyberie, ktory stlpec reprezentuje gen, fold change a statisticku vyznamnost. Volcano plot je interaktivny, podporuje thresholdy, tooltipy a vyber genov.

Neo4j graf biologickych vztahov

V grafe sa daju zobrazovat vztahy medzi genmi, variantmi, vzorkami, fenotypmi, klinickymi anotaciami a externymi referencnymi zdrojmi. Cielom je rychlejsie objavit kontext, ktory v samotnej tabulke nie je vidiet.

Orchestracia, uloziska a AI

WordPress zabezpecuje rozhranie, SQL databaza uklada projekty, experimenty a komentare, KNIME moze koordinovat spracovanie dat a AI komponenty pomahaju pri interpretacii v ramci kontrolovanych analytickych sablon.

Pre koho je BioNavira urcena

Platforma je stavana pre timovu pracu nad genomickymi datami: od administracie projektov cez analyticku pracu az po verejne zobrazenie vybranych vysledkov.

Administrator

Nastavuje Neo4j pripojenie, vytvara projekty, spravuje verejnost, zdielanie a moze mazat projekty aj experimenty.

Registrovany pouzivatel

V zdielanom projekte vytvara experimenty, uklada volcano vysledky, komentuje interpretaciu a pracuje s grafom.

Verejny navstevnik

Bez prihlasenia si vie pozriet projekty a experimenty oznacene ako verejne, upravit pohlad volcano grafu a nacitat povoleny Neo4j graf bez vlastnej query.

BioNavira v1.5.17 Profesionalny workflow pre genomicke data Vydane: 2026-06-05 Shortcode: [bionavira_neo4j_graph]